醫學(xué)數據及其應用

中華醫學(xué)圖書(shū)情報雜志2013年7月第22卷第7期 Chin J Med Libr Inf Sci,Vol.22No.7July,2013DOl:10.3969/j.isn.l671-3982.2013.07.001綜述醫學(xué)數據及其應用蘇玉召[摘要]介紹了醫學(xué)數據及醫學(xué)數據系統,重點(diǎn)論逑了醫學(xué)教據挖掘,諸如 RIMS-P規則挖掘工具、 PubGene關(guān)聯(lián)分析系統、數據分析及知識關(guān)聯(lián)服務(wù)等應關(guān)鍵詞]醫學(xué)數據;醫學(xué)教據挖掘;數據共享;嵌λ式集成服務(wù);知識關(guān)聯(lián)服務(wù)[中圖分類(lèi)號]R-058;R197.323[文獻標志碼]A[文章編號]1671-3982(2013)07-001-03Medical data and their application a reviewSU Yu-zhaoHenan Engineering College, Zhengzhou 451191, Henan Province, ChinaL Abstract Medical data and medial data system were described with stress laid on mining of medical data and applica-tion of medical data in RLIMS-P rules mining tool, PubGene -associated analysis system, data analysis and knowledgeassociated service. etcI Key words Medical data; Mining of medical data; Data sharing; Embedded integration service; Knowledge-associatec計算機在醫療系統的廣泛應用,產(chǎn)生了大量醫標是支持醫院的行政管理與事務(wù)處理,減輕醫護人學(xué)數據。醫學(xué)數據對疾病的診斷、治療和硏究非常員的勞動(dòng)強度,輔助醫院管理,輔助高層領(lǐng)導決策,有價(jià)值,可創(chuàng )建病史記錄基礎、支持提供者之間的交提高醫院的工作效率。流、預測未來(lái)健康問(wèn)題、記錄標準預防措施、認識與健康醫療信息系統( Healthcare information system,預期趨勢的偏差、提供法律記錄和支持臨床研究。HCIS)的目的是有效提高專(zhuān)業(yè)醫療保健人員工作效1醫學(xué)數據系統率和醫療保健質(zhì)量及患者滿(mǎn)意度,其主要功能包括1.1醫院信息系統患者管理及賬單管理、部門(mén)管理、提供醫療及臨床文醫院信息系統(HS)包括行政管理系統、醫療檔、臨床決策支持和財務(wù)及資源管理5個(gè)方面。管理系統、決策支撐系統和各種輔助系統,其主要目1.2電子健康記錄系統電子健康記錄( electronic health record,EHR)基金項目]本文系2013年度河南省教育廳科學(xué)技術(shù)研究重點(diǎn)項目指以電子形式保存和維護的、可供多個(gè)合法用戶(hù)同云計算環(huán)境下高教資源定制服務(wù)用戶(hù)建模集成系統研時(shí)使用的個(gè)人健康狀況和醫療保健信息的集合,分究(31139,河南工程學(xué)院牌土基金資助項目”,為個(gè)人健康記錄(PHR)、電子醫療記錄(EMR)和患2013年度河南省社科聯(lián)、河南省經(jīng)團聯(lián)調研課題“加快城鄉發(fā)展一體化進(jìn)程,推動(dòng)新型農村社區健康”(SKL者中國煤化工013-3010)、“融合物聯(lián)網(wǎng)云平臺的智慧鄭州研究”1.3CNMHG(SKL-2013-605)的研究成果之為了管理快速增加的醫學(xué)信息和數據,建立了[作者單位]河南工程學(xué)院,河南鄭州451191很多獨立的數據庫。美國國立醫學(xué)圖書(shū)館(NM)研作者簡(jiǎn)介蘇玉召(1975-),男,河南尉氏人,博士,講師,已發(fā)文10制的醫學(xué)文獻分析與檢索系統”( Medical literature舟病數據Analysis and Retrieval System, MEDLARS)是目前國中華醫學(xué)圖書(shū)情報雜志2013年7月第22卷第7期 Chin J Med Libr Inf Sci,vo.22No.7July,2013際公認的最完善的醫學(xué)文獻檢索系統,也是應用最全的蛋白質(zhì)信息公共數據庫PTR( Protein Information為廣泛的大型聯(lián)機檢索系統。 MEDLARS由 Resource),并開(kāi)發(fā)了從 PubMed中在線(xiàn)抽取蛋白質(zhì)MEDLINE、PQ和 TOXNET3個(gè)相對獨立的數據庫磷酸化信息的文本挖掘工具。 RLIMS-P的文獻抽子系統組成。取可達到91.4%的精確度和96.4%的召回率,在加州大學(xué)洛杉磯分校 Wesley等人開(kāi)發(fā)的是面酶作用物和磷酸化位點(diǎn)的抽取上達到97.9%的精向特定情境醫學(xué)文本文檔檢索的基于知識的數字圖確度和88%的召回率6。書(shū)館2,目的是從特定的醫學(xué)信息文檔中檢索出具該項目提出的文本信息抽取方法能夠連接合并體的方案。這些特定文本文檔可是患者檔案、診斷在同一文本而不在同一語(yǔ)句的蛋白質(zhì)磷酸化的相關(guān)報告、文獻資料和通信簡(jiǎn)報等形式,解決簡(jiǎn)單信息檢信息,在對數據清洗、糾錯、格式化之后,進(jìn)行文本數索面臨的3個(gè)難題。待檢術(shù)語(yǔ)是一個(gè)非標準的醫學(xué)據挖掘。結果顯示,這種方法可以顯著(zhù)提高召回率詞匯,無(wú)法用自組織的方式有效地表示那些同義的而不影響精確度。詞語(yǔ)、詞組和類(lèi)似概念,待檢術(shù)語(yǔ)與文檔中同義詞句2.3 PubGene關(guān)聯(lián)分析系統的匹配是錯誤的。挪威科技大學(xué)、挪威腫瘤醫院和瑞典 Linkoping2醫學(xué)數據挖掘大學(xué)于2001年合作開(kāi)發(fā)的 PubGene基因關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò )醫學(xué)數據挖掘能提高醫療服務(wù)質(zhì)量和醫院管理系統是一個(gè)人類(lèi)基因文獻網(wǎng)絡(luò )系統水平,具有廣闊的應用前景。醫學(xué)數據挖掘面向該系統從 MEDLINE文摘中自動(dòng)抽取基因之間整個(gè)醫學(xué)數據庫或醫學(xué)信息集合提供知識和決策,的關(guān)系網(wǎng)絡(luò ),結合 Gene ontology中對單個(gè)基因表達是醫療決策支持系統的重要組成部分。數據挖掘技的注釋,揭示基因與蛋白質(zhì)、疾病、細胞過(guò)程、功能術(shù)還可用于醫療政策分析、醫療衛生保健、醫療資源突變、細胞成分以及藥物之間的關(guān)系。該項目從基因利用評價(jià)、藥物毒理和副作用的發(fā)現、衛生經(jīng)濟評價(jià)之間的生物學(xué)關(guān)系和基因與疾病的關(guān)系入手,與蛋白等方面。同時(shí),隨著(zhù)理論研究和實(shí)踐的深入,醫學(xué)數質(zhì)相互作用數據庫( Database of Interacting proteins,據挖掘在疾病的診斷和治療、醫學(xué)科研與教學(xué)以及DP)、在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳(OMM)進(jìn)行比較,在隨醫院管理等方面將發(fā)揮巨大的作用。機抽樣的基因對中,與DP吻合的基因對占51%2.1杜克大學(xué)孕產(chǎn)預測數據挖掘項目(抽樣171種基因),與OMIM吻合的占45%(抽樣P' rather及其同事利用數據挖掘技術(shù)對杜克大6404種)。在與淋巴細胞關(guān)系最密切的50種基因學(xué)醫學(xué)中心醫學(xué)數據倉庫進(jìn)行了研究,數據來(lái)源于中, PubGene發(fā)現了其中的21種。該系統利用聚杜克大學(xué)醫學(xué)中心圍產(chǎn)保健數據庫中分離出來(lái)的類(lèi)、分類(lèi)、關(guān)聯(lián)規則、共詞分析以及統計學(xué)的方法來(lái)45000多條電子醫學(xué)記錄。他們把這些記錄放進(jìn)研尋找與某特定基因有生物學(xué)關(guān)系的其他基因,從中究的關(guān)系數據庫進(jìn)行基本分析及對數據倉庫的多個(gè)不僅可以獲得與某一基因相關(guān)聯(lián)的基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò )查詢(xún)條件限定后創(chuàng )建了3902個(gè)患者的數據集。該圖,還能查閱到該基因所影響的生物學(xué)過(guò)程。項研究結果證明,醫學(xué)數據挖掘技術(shù)能夠從患者的2.4 Chilibot醫學(xué)文本挖掘工具醫學(xué)電子記錄提供的事實(shí)數據中進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,預在美國公共衛生署和田納西州大學(xué)腦神經(jīng)疾病測可能增加孕婦早產(chǎn)風(fēng)險的因素。研究中心的資助下,美國田納西州大學(xué)健康科學(xué)中2.2RLMS-P規則挖掘工具心藥理學(xué)系 Hao Chen和 Burt M Sharp合作開(kāi)發(fā)了美國 Georgetown大學(xué)醫學(xué)院與 Delaware大學(xué)、個(gè)中國煤化工 are robot, Chilibot)Anna大學(xué)合作開(kāi)發(fā)的 RLIMS-P是基于規則的抽取從CNMHG其中存在的科學(xué)關(guān)聯(lián)蛋白質(zhì)磷酸化信息的系統,是抽取蛋白質(zhì)磷酸化并把這些聯(lián)系用圖形表現出來(lái)。 Chilibot數據主要來(lái)信息的在線(xiàn)文獻挖掘工具源于美國國立醫學(xué)圖書(shū)館的 PubMed,此外還連接在線(xiàn)該項目的主要目標是從MEDⅠNE數據庫中抽取人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳數據庫( Online mendelian inheritance與蛋白質(zhì)酸粞關(guān)的信息,目前已建成國際最大最mMmn,OMM)、位點(diǎn)連接數據庫( Locuslink)、基因組中華醫學(xué)圖書(shū)情報雜志2013年7月第22卷第7期 Chin J Med Libr Inf Sci,Vol.22No.7July,2013數據庫( Genome database)等。在對這些數據庫文CDR并不是單純將不同數據源數據整合起來(lái)獻的相關(guān)記錄進(jìn)行語(yǔ)義分析的基礎上,構建了基因、提供跨庫檢索,而是對集成數據做進(jìn)一步的抽取和蛋白質(zhì)、藥物和生物概念之間內容豐富的關(guān)系網(wǎng)絡(luò )。關(guān)聯(lián)及相應分析,并以統計報表的方式將用戶(hù)關(guān)注Chilibot系統為我們免費利用在線(xiàn)數據庫資源提供對象的各種屬性及其關(guān)系呈示給用戶(hù),幫助用戶(hù)全了有益的借鑒。面認識關(guān)注對象及在此基礎上進(jìn)行更深入的分析。3醫學(xué)數據應用服務(wù)3.3基礎醫學(xué)和科學(xué)數據整合服務(wù)為更好滿(mǎn)足用戶(hù)需要,醫學(xué)信息服務(wù)朝著(zhù)提供中國“國家人口與健康科學(xué)數據共享平臺”是集成化、一體化、關(guān)聯(lián)化的深度信息服務(wù)方向發(fā)展國家科技基礎條件平臺科學(xué)數據共享的重大項31嵌入式集成服務(wù)目3,其目標是建立一個(gè)物理上分布、邏輯上高度醫學(xué)數據平臺嵌入式集成服務(wù)技術(shù)的代表是英統一的醫藥衛生科學(xué)數據管理與共享服務(wù)系統,為國國家衛生圖書(shū)館( The UK National Library for政府衛生決策、科技創(chuàng )新、醫療保健、人才培養、百姓Health,NIH),其目標是為英國NH( The uK national健康和企業(yè)發(fā)展提供數據共享和信息服務(wù)。該項目Health service)的醫學(xué)研究人員、學(xué)生、臨床醫生和的特點(diǎn)是基礎與臨床結合、預防與治療結合、中西醫患者等用戶(hù)提供醫學(xué)知識,除提供跨庫集成檢索等結合、軍民結合數字圖書(shū)館服務(wù)以外,還提供一種以證據為基礎的該平臺依托權威的研究和數據管理機構,建立循證醫學(xué)服務(wù)( eidence- based healthcare)。這項服了4個(gè)科學(xué)數據物理中心,每個(gè)物理中心都獨立于務(wù)分3個(gè)步驟。一是合成( Synthesize),以圖書(shū)館可業(yè)務(wù)系統之外。已經(jīng)啟動(dòng)的4個(gè)數據中心及其依托以訪(fǎng)問(wèn)的數據資源為基礎,通過(guò)跨庫檢索、信息抽取單位如下:隸屬于中國醫學(xué)科學(xué)院基礎所的基礎醫將來(lái)自不同數據源的信息組成一個(gè)整體;二是專(zhuān)門(mén)學(xué)科學(xué)數據中心,隸屬于解放軍總醫院、協(xié)和醫院的化( Specialize),根據用戶(hù)需求選擇、提取適當知識,臨床醫學(xué)科學(xué)數據中心,隸屬于中國疾病預防控制為特定用戶(hù)服務(wù);三是移動(dòng)( Mobilize),將上述知識中心的公共衛生科學(xué)數據中心,隸屬于中國中醫研嵌入到用戶(hù)桌面,通過(guò)技術(shù)手段將相關(guān)知識嵌入用究院的中醫藥學(xué)科學(xué)數據中心。戶(hù)的wod系統、電子郵件系統以及 Map of Medicine3.4基于數據分析的個(gè)性化服務(wù)(NHS的一個(gè)服務(wù)系統)。這項服務(wù)的特點(diǎn)是圍繞英國國家衛生服務(wù)(NHS)網(wǎng)站為注冊用戶(hù)提用戶(hù)的工作流程建立服務(wù),而不是圍繞圖書(shū)館期望供的個(gè)性化服務(wù)包括本地服務(wù)、個(gè)人興趣、個(gè)人信的工作流程建立服務(wù)。本地用戶(hù)可以使用本地組裝息、定制的個(gè)人頁(yè)面、賬戶(hù)信息。本地服務(wù)通過(guò)的資源,并且把信息資源嵌入到用戶(hù)環(huán)境中。收集用戶(hù)信息,向其提供最便捷的醫院、醫生診所、3.2數據分析及知識關(guān)聯(lián)服務(wù)藥房及其他個(gè)性化推薦服務(wù);通過(guò)收集用戶(hù)個(gè)人感美國弗吉尼亞大學(xué)開(kāi)放的臨床數據知識庫興趣的及時(shí)更新的新聞、關(guān)注的健康知識及個(gè)人閱( clinical data repository,CDR),不僅支持一般性臨讀愛(ài)好,為其提供感興趣的健康知識和新聞;通過(guò)搜床數據的檢索還支持對臨床數據的聯(lián)機分析與關(guān)集注冊用戶(hù)的年齡、身高、體重等信息,為用戶(hù)推薦聯(lián)。CDR的數據主要來(lái)源于共享醫學(xué)系統更合適的醫院、醫生、健康新聞和知識,并能夠通過(guò)( Shared Medical Systems)的住院病人和門(mén)診病人的離線(xiàn)狀態(tài)進(jìn)行電話(huà)聯(lián)系;定制的個(gè)人信息能夠保存數據、IX計費系統( IDX billing system)的病人及其歷史訪(fǎng)問(wèn)記錄;此外還提供個(gè)人賬戶(hù)管理功能,用戶(hù)診斷治療數據、 SunQuest實(shí)驗系統的實(shí)驗數據、胸外能中國煤化工科協(xié)會(huì )( Society of Thoracic Surgeons)的心臟手術(shù)案CNMHG物醫學(xué)搜索引擎。例數據和弗吉尼亞州衛生部的死亡登記數據。此該網(wǎng)站主要通過(guò)系統收集用戶(hù)的數據,包括注冊用外,CDR還允許用戶(hù)指定其他的數據,如微生物實(shí)戶(hù)的NCB能夠保存搜索的數據(搜索、集合、書(shū)目、驗數據、出院描述數據、腫瘤登記資料等。這些數據最近的活動(dòng))統一整合到在矜幫的數據模型中。(下轉第17頁(yè))中華醫學(xué)圖書(shū)情報雜志2013年月第22卷第 Chin J Med Libr Inf Sci,ⅤVol.22No.7July,20l3[8]李友元,楊宇,鄧紅波.黃精煎液對衰老小鼠組織端粒酶活性的[21]王捍國,肖明振,趙守亮,等.cMye激活人成牙本質(zhì)細胞樣細影響[J].華中醫學(xué)雜志,2002,26(4):25-225,230端粒酶的實(shí)驗研究[J.口腔醫學(xué)研究2003,19(2):88-919]李友元,成威,鄧洪波,等,黃精多糖對App轉基因小鼠大腦[22]王捍國,肖明振,趙守亮 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